Vo XII vek i podocna politi~kite priliki na Balkanskiot Poluostrov bile mo{ne zamreni. Vo 1204 godina krstonoscite go osvoile Carigrad i osnovale Latinsko carstvo. Vizantiskiot car Teodor Laskar i carigradskiot patrijarh se zasolnile vo Mala Azija, taka {to Vizantiskoto carstvo bilo svedeno na samo edna mala oblast od ju`nata strana na Mramornoto more so prestolnina vo Nikeja.
Vo Epir, Tesalija i Makedonija bilo osnovano Epirsko despostvo, vo ~ij sostav vleguvalo i sedi{teto na Ohridskata arhiepiskopija.
Znaej}i za neprijatelstvoto me|u nikejskiot car Laskar i epirskiot despot okolu nasledstvoto na vizantiskiot prestol, monahot Sava, imal vo predvid deka mu pripa|a na drug narod - na srpskiot, po primerot na Bugarskata Pravoslavna Crkva vo liceto na Trnovskata arhiepiskopija i pou~en deka sekoja Pravoslavna Crkva e nacionalna crkva, go zaobikoluva Ohridskiot arhiepiskop Homatijan, i pobaral avtokefalnost na Srpskata Pravoslavna Crkva od patrijarhot vo Nikeja. So toa napravil kanonski prekr{ok, za{to eparhiite vo toga{na Srbija se nao|ale pod jurizdikcija na Makedonskata Pravoslavna Crkva - Ohridskata arhiepiskopija. Duri i uspeal vo 1219 godina da dobie avtokefalnost na Srpskata Pravoslavna Crkva od Nikejskiot patrijarh. Popusti bile protestite na Homatijan: Sava ja organiziral avtokefalnosta na svojata crkva. Za devette srpski eparhii bile hirotonisani devetmina Srbi, glavno dovedeni od Sveta Gora.
Srpskata Pravoslavna Crkva bila pod jurizdikcija na Makedonskata Pravoslavna Crkva - Ohridskata arhiepiskopija, bila nejzina kerka - crkva. I sega, zaboravaj}i ja ovaa vistina, Srpskata Pravoslavna Crkva pretendira da bide majka na svojata majka Makedonska Pravoslavna Crkva - naslednica na Ohridskata arhiepiskopija.
Koga podocna srpskata dr`ava po~nala da se {iri na jug, na Makedonskata Pravoslavna Crkva i bile odzemeni nekoi eparhii i pot~ineti pod jurizdikcija na Srpskata Pravoslavna Crkva. Koga carot Du{an zavladeal so celata teritorija na Makedonija vo negovata dr`ava se na{le dve avtokefalni arhiepiskopii Ohridskata i Pe}kata. Nabrgu Du{an re{il da se proglasi za car. Spored srednovekovnite zakoni, carskata kruna mo`el da ja dobie samo od patrijarh. Zatoa bilo potrebno Pe}kata arhiepiskopija da bide proglasena za patrijar{ija. Vo ova bil pomognat i od Ohridskiot arhiepiskop i od Trnovskiot patrijarh. I vo 1346 godina na Crkovno-narodniot sobor {to e odr`an vo Skopje arhiepiskopot Joanikij II e proglasen za patrijarh na Srpskata Pravoslavna Crkva, koj potoa go krunisal Du{an za car.
Vo vremeto na car Du{an Ohridskata arhiepiskopija se oslobodila od dotoga{nite stegi na vizantiskiot dvor i napolno se osamostoila. Arhiepiskopot ve}e ne bil nazna~uvan od carot tuku bil izbiran od episkopite, {to toj gi postavuval bez da se me{a dr`avnata vlast. Arhiepiskopijata prodol`uva da bide duhoven i kulturen centar za Makedoncite, koi vsu{nost ja so~inuvale celata pastva. Stefan Du{an se odnesuval korektno i so po~it kon Makedonskata Pravoslavna Crkva - Ohridskata arhiepiskopija. Site promeni vo srpskata dr`ava i crkva stanuvale so u~estvo i blagoslov na Makedonskiot arhiepiskop. Makedonskiot arhiepiskop u~estvuval i na soborot koga e proglasen srpskiot patrijarh i koga e ven~an srpskiot car Du{an. Imeno Nikolaj do{ol so svetiot sinod. Do{ol i trnovskiot sinod. Do{ol i trnovskiot patrijath, i dvajcata go proglasile Joanikij II za patrijarh, za potoa trojcata crkovni velikodostojnici da go krunisaat du{an za car. U~estvoto na Makedonskiot poglavar - Ohridskiot arhiepiskop se smetalo kako zamena na carigradskiot patrijarh, koj otka`al da u~estvuva na krunisuvaweto. Vo toa vreme Makedonskata Pravoslavna Crkva bila vo dobra matrejalna polo`ba. Du{an, a potoa i negovite naslednici i nivnite povisoki velmo`i bile dare`livi vo pomagaweto na Arhiepiskopijata, osobeno pri izgradbata i obnovuvaweto na crkvi i manastiri.

Tursko ropstvo